国务院办公厅2015年9月份印发了《加快海关特殊监管区域整合优化方案》(以下简称《方案》)，按照要求，现有出口加工区、保税物流园区、跨境工业区、保税港区及符合条件的保税区将逐步整合为综合保税区；新设立的海关特殊监管区域统一命名为综合保税区。逐步统一海关特殊监管区域信息化管理系统，统一监管模式。
1、管理与税收
根据现行有关政策，海关对保税区实行封闭管理，境外货物进入保税区，实行保税管理；境内其他地区货物进入保税区，视同出境；同时，外经贸、外汇管理等部门对保税区也实行较区外相对优惠的政策，同时保税区具有进出口加工、国际贸易、保税仓储商品展示等功能，享有“免证、免税、保税”政策,实行“境内关外”运作方式。
2、审批与经营
根据工商登记法律、法规，企业经营范围登记由工商行政管理部门主管。但是对于需要进行前置许可性审批的经营范围的确定，需要申请人先就经营内容进行审批申报，而后进行工商登记。保税区内企业的经营范围如果涉及前置审批项目同样需要现行报请相关部门许可后才能执行。可以明确的是，保税区内企业到海关办理注册、备案本身并不属于行政许可。而且该备案是在营业执照办理完毕后的。
　　保税区企业经营范围中涉及国内贸易的，如果不涉及许可类贸易项目同样不需要经过任何审批就可以将其列入企业营业执照的经营范围。但实践中很多保税区内的工商部门对于此类业务并不予以营业执照确认。其理由仍然是保税区管理的特殊性，非保税区业务会不利于海关及相关部门对保税业务的监管。